Алексей Балабанов появился на свет в Свердловске (ныне Екатеринбург). Его родители на тот момент были еще студентами: отец учился на последнем курсе юридического факультета, а мать оканчивала медицинский вуз. После университета его отец устроился корреспондентом в областную молодежную газету, где подружился с будущим министром культуры РСФСР Юрием Мелентьевым — он был там главным редактором. Когда политик переехал в Москву, своим преемником он назначил именно Балабанова-старшего.
Мать режиссера тоже решила не бросать карьеру после рождения сына. Она окончила поступила в ординатуру и занялась научной работой. А в 35 лет защитила докторскую и стала директором Свердловского института курортологии и физиотерапии. Работа предполагала частые командировки, в том числе и за границу, и иногда не хватало времени даже не ребенка. Именно поэтому Балабанов, как признавался он сам, рос хулиганом.
Еще в детстве он увлекся иностранными языками, поэтому по окончании школы, не раздумывая, поступил в Горьковский институт иностранных языков, где впоследствии получил профессию переводчика.
Умения и навыки, приобретенные в институте, пригодились ему в армии. Вместе с ротой военно-десантных войск, к которой был приписан, Алексей побывал во многих регионах Африки и Средней Азии. И даже принимал участие в боевых действиях в Афганистане. И те переживания, связанные с военной службой, он отразил в фильме «Груз 200».
После армии Балабанов решил устроиться на работу в Свердловскую киностудию в качестве помощника режиссера. Но все это время он был на вторых ролях, поэтому чуть набравшись опыта, он решил поступить на Высшие курсы сценаристов и режиссеров, которые окончил в 1990 году.
Хотя снимать он начал еще до этого. Так, свой первый фильм он выпустил в 1987 году, а сценарий к нему написал за одну ночь.
Над своей культовой кинокартиной режиссер тоже работал не очень долго. Сценарий он написал за неделю-две, как рассказывал сам, а снял все за месяц. режиссер торопился, потому что хотел успеть запечатлеть осень.
Тем не менее фразы из этой киноленты разлетелись на цитаты, а самая известная из них: «В чем сила?». Кстати, ее Балабанов считал глупой, но все-таки любил ее.
В 2000 году Балабанов взялся снимать экранизацию повести «Предел скорби» — фильм должен был называться «Река». Однако он так и остался незаконченным. 20 ноября недалеко от города Кандалакши Мурманской области машина, в которой находились Балабанов, Васильева, их сын Петр, оператор Сергей Астахов, монтажер Марина Лепартия и исполнительница главной роли Туйара Свинобоева, слетела в обрыв. Исполнительница главной роли погибла, а остальные получили травмы разной степени тяжести. Балабанов решил не заканчивать фильм, а через несколько лет смонтировал из снятого материала короткометражку.
Балабанов любил работать без каскадеров, он хотел, чтобы в опасные моменты в глазах героев действительно читался страх. Так, в фильме «Война», который стал для Алексея Чадова дебютным, актер чуть не утонул в горной реке и после этого отказался сниматься.
«Балабанов сказал мне: «Ты знаешь, Леш, я хочу снять кино настоящее, как вот эти камни и горы. Ты неправильно сделал. Все считают тебя героем, а ты сдался. Не по-мужски это». Я разозлился, прикрутил себя к плоту, уже знал, как держаться, как упереться. Говорю, давайте свой плот, поехали!» — рассказывал позже Чадов.
В конце нулевых режиссер сильно увлекся религией: он подружился с настоятелем храма Архангела Михаила в Угличе отцом Рафаилом. Они часами разговаривали по телефону, и Балабанов часто ездил к нему в Углич. А познакомился со священником режиссер на съемках фильма «Морфий», сценаристом которого стал Сергей Бодров.
Он близко дружил со звездой своего культового фильма «Брат», поэтому тяжело переживал его смерть. Долго после трагедии не мог прийти в себя, был в запое, винил себя в смерти Бодрова и три года не возвращался к работе. Но все-таки даже после такой трагедии он смог выпустить несколько полюбившихся многим зрителям картин.
Балабанов был человеком с добрым сердцем и очень жалел тех, кто оказался в сложной жизненной ситуации. Так, он часто приводил домой бездомных, чтобы они поели и согрелись, а заодно показывал им свои фильмы.